不过真正使得教会发生改变的开端，却来自于一位伟大的魔法师埃萨克?牛顿爵士。历史上，牛顿爵士是地球位面中第一位系统阐述波构造理论从而为科学计划奠定理论基础的伟大奇才，并且，也是枯魔期以来第一位突破生与死的界限成为科学巫妖的强大法师。然而，他最大的成就莫过于晚年义无反顾的投入教会怀抱，并且最终获得教皇的信任，为科学教彻底控制这个生死大敌打下了基础。

面对着越来越严酷的局面，教廷的有识之士们不得不做出了最坏的打算，他们利用各种各样的借口把一批信仰最坚定的教士聚集起来，连同一大批珍贵的圣物和医院骑士团、条顿骑士团、马耳他骑士团等宗教武装组织的精英一起，通过一个强大的神术转移到了月球背面，并且，在那里建立起一个复兴基地。

此后的局面完全符合了有识之士们的预期，科学教步步紧逼，教廷力量节节败退，只能依靠宣传科学和宗教并不矛盾之类的说法，苦苦坚守着最后一点信仰资源。尽管如此，科学教的最后一击，却终将到来。

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